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htaccessを使って、ディレクトリ以下のページを301リダイレクトしてサイト移転する際に、htaccessは上から読み込まれますので、301リダイレクトしたいページを先に、ディレクトリを後に記述しないと、上手く転送してくれませんよ...って話です。
例えば http://www.abcd.nets から http://www.efgh.nets にサイト移転する場合に、http://www.abcd.nets のindex.html(index.php)があるディレクトリに以下のようなhtaccessを設置しているとします。
<Files ~ "^.(htaccess|htpasswd)$"> deny from all </Files> Redirect permanent / http://www.efgh.nets/ order deny,allow
ここで http://www.abcd.nets/aaa/bbb.html というページを http://www.efgh.nets/aaa/bbb.html へ、ディレクトリを http://www.efgh.nets/aaa/ へと転送したい場合には、以下のような順番で記述します(wordpressのカテゴリと、そのカテゴリ以下のページみたいなイメージですね)。
<Files ~ "^.(htaccess|htpasswd)$"> deny from all </Files> Redirect permanent /aaa/bbb.html http://www.efgh.nets/aaa/bbb.html Redirect permanent /aaa/ http://www.efgh.nets/aaa/ order deny,allow